تَأَسَّسَتْ جَامِعَةُ مُقْدِيشُو لِسَدِّ الْفَرَاغِ الَّذِي تَرَكَتْهُ الْحُكُومَةُ الْمَرْكَزِيَّةُ الْمُنْهَارَةُ، فَبَدَأَتْ مِشْوَارَهَا بِثَلَاثٍ كُلِّيَّاتٍ فَقَطْ، يَدْرُسُ فِيهَا بِضْعُ مِئَاتٍ. وَقَدْ تَوَسَّعَتْ كُلِّيَّاتُ الْجَامِعَةِ حَتَّى أصْبَحَتْ إحْدَى عَشْرَةَ كُلِّيَّةً يَدْرُسُ فِيهَا سِتَّةُ آلَافِ طَالِبٍ.